Chức năng, nhiệm vụ:
-Giám sát, quản lý mọi hàng hóa, hành lý, tiền tệ, kim khí quý, đá quý, ngọc trai, bưu phẩm, bưu kiện, phương tiện vận tải khi xuất hay nhập cảng.
Thi hành chính sách thuế xuất nhập cảng và có thể thu những sắc thuế khác được ủy nhiệm.
Kiểm soát để ngăn ngừa những hành vi vi phạm luật lệ hải quan, những hành vi buôn bán, tàng trữ, vận chuyển các loại hàng xuất nhập trái phép, kể các ma túy, thuốc phiện.
Phát hiện ngăn ngừa các hiện tượng tổn thất làm ảnh hưởng đến hàng xuất nhập cảng thuộc tài sản của nhà nước còn nằm trong phạm vi giám sát, quản lý của Hải quan.
-Qua từng thời kỳ, chức năng nhiệm vụ chung của Cục được bổ sung điều chỉnh, hoàn thiện, cho phù hợp với quy định của pháp luật, phù hợp với tình hình nhiệm vụ, khối lượng công việc, phù hợp với sự phát triển hoạt động xuất khẩu, xuất cảnh, nhập cảnh, phù hợp với xu thế hội nhập của đất nước với khu vực và thế giới nhưng chức năng nhiệm vụ chung của ngành Hải quan và riêng của cục Hải quan thành phố Hồ Chí Minh chủ yếu là góp phần vào xây dựng và bảo vệ Tổ quốc "Vì lợi ích, chủ quyền và an ninh quốc gia".
-Có nhiệm vụ thực hiện kiểm tra, giám sát hàng hóa, phương tiện vận tải; phòng, chống buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng qua biên giới; tổ chức thực hiện pháp luật về thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu; thống kê hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu; kiến nghị chủ trương, biện pháp quản lý nhà nước về Hải quan đối với hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu, nhập khẩu, xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh và chính sách thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.