Trường THCS Lý Thường Kiệt hiện được tọa lạc trên một khu đất rộng thuộc địa bàn phường Hòa Thuận Tây, quận Hải Châu, thành phố Đà Nẵng.

Tháng 8 năm 1979 trường được thành lập theo quyết định số 927/QĐ-UB của UBND thành phố Đà Nẵng(cũ), được tách ra từ trường cấp 1-2 Hoà Thuận và mang tên là trường cấp I, II Hoà Thuận 2.
Đến tháng 4 năm 1980 trường được tiếp nhận của QKV một khu đất 3.000 m2 và hai dãy nhà tôn của doanh trại quân đội cũ để lại, tại 409 đường Trưng Nữ Vương, thành phố Đà Nẵng; từ đó đến nay trường đóng tại địa chỉ trên. Năm học 1982-1983, trường được vinh dự mang tên danh tướng Lý Thường Kiệt và đến năm 1990, trường lại một lần nữa chuyển cấp I sang trường Nguyễn Du và tiếp nhận học sinh cấp II của trường Nguyễn Du về, với tên gọi là Trường Phổ thông cơ sở Lý Thường Kiệt. Từ năm 1997 đến nay là trường THCS Lý Thường Kiệt, thuộc Phường Hòa Thuận Tây, quận Hải Châu, TP Đà Nẵng.
Trải qua 30 năm xây dựng và phát triển, ngày nay trường đã trở thành một trong những trường phát triển lớn mạnh cả về chất lượng và số lượng của quận Hải Châu và TP Đà Nẵng.