Trường THCS Nguyễn Thị Minh Khai được thành lập năm 1975, trên cơ sở trường phổ thông cấp 1 Thạc Gián. Trường lần lượt mang tên: Trường phổ thông cấp 1 Thạc Gián(1975-> 1977); Trường phổ thông cấp 1,2 Thạc Gián(1977-> 1982); Trường phổ thông cơ sở Nguyễn Thị Minh Khai(1982-> 1992); Trường phổ thông cấp 2 Nguyễn Thị Minh Khai(1992-> 1995); Trường Trung học cơ sở Nguyễn Thị Minh Khai(1995-> nay);
Trước ngày giải phóng thành phố 29/3/1975, phường Thạc Gián (nay là các phường Thạc Gián, Vĩnh Trung, Chính Gián) chỉ có trường tiểu học cộng đồng Thạc Gián (nay là trường THCS Nguyễn Duy Hiệu); Sau giải phóng (3/1975), để đáp ứng nhu cầu học tập của con em nhân dân, UBND thành phố đã thành lập Trường phổ thông cấp 1 Thạc Gián.
Năm học 1975-1976, 1976-1977, trường mang tên Trường phổ thông cấp 1 Thạc Gián, gồm 2 cơ sở: Cơ sở 1 gồm các phòng học nằm trong chùa Chiêu Ứng. Cơ sở 2 ở kiệt Tiến Thành(nay là cơ sở 2 của trường tiểu học Hoa Lư). Tháng 9/1977, Quyết định lập thành Trường phổ thông cấp 1,2 Thạc Gián. Năm học 1977-1978 trường tuyển sinh 3 lớp 6 đầu tiên có 160 HS(3 giáo viên). Từ đó tiếp tục những năm sau, trường dần dần phát triển đủ các lớp từ lớp 1 đến lớp 9. Số lượng lớp tăng, phòng học thiếu, UBND phường Thạc Gián tạo điều kiện cho ngăn hội trường của UBND phường (kiệt Tiến Thành, nay là đường Phan Thanh)làm phòng học và mượn phòng kinh tiêu của phường (đường Lý Thái Tổ) làm phòng học. Năm 1985, theo chủ trương chung, trường PTCS gồm 2 bậc học được tách làm 2 trường: Trường PTCS Nguyễn Thị Minh Khai và trường Tiểu học Hoa Lư. Trường PTCS Nguyễn Thị Minh Khai có 22 lớp (từ lớp 6 đến lớp 9), 957 học sinh, 51 CBGVNV; Cũng trong năm trường được UBND Tỉnh QN-ĐN qui hoạch trên một khuôn viên 3000m2 (nơi đây nguyên là gò đất mộ tộc Nguyễn Ngọc ở phường Thạc Gián)để xây dựng trường mới. Ban đầu trường được xây dựng 1 dãy hướng Đông có 6 phòng học mái ngói tường xây. Năm 1990, trường được tiếp tục đầu tư xây dựng thêm phòng học ở các dãy phía Nam và phía Bắc. Năm 1991, xây dựng tường rào cổng ngõ, trường có khuôn viên riêng biệt. Năm học 1992-1993 trường có 25 lớp, 60 CBGVNV. Năm 1993, dãy 4 phòng học phía bắc được cải tạo nâng tầng. Năm 1997, Đà Nẵng trở thành thành phố trực thuộc trung ương, các trường THCS được Sở GD&ĐT trực tiếp quản lý. Trường được UBND thành phố đầu tư 1,5 tỷ đồng để cải tạo dãy 6 phòng hướng Đông lên 3 tầng. Năm 2006, trường THCS được UBND quận quản lý, và Phòng GD&ĐT trực tiếp chỉ đạo chuyên môn. Được sự quan tâm của UBND quận Thanh Khê và Phòng GD&ĐT, năm 2010 trường được tiếp tục đầu tư gần 3 tỷ đồng cải tạo dãy nhà cấp 4 phía nam thành khu chức năng các phòng học bộ môn.
Hiện nay, trường có 30 phòng, trong đó có 14 phòng học, 2 phòng CNTT với 48 máy vi tính được nối mạng mạng internet,1 phòng dành riêng để dạy giáo án điện tử, 4 phòng bộ môn (Vật lý, Hóa học, Sinh học, Mỹ thuật & Âm nhạc), 1 thư viện với gần 2 vạn bản sách, 1 phòng y tế chăm sóc sức khỏe học sinh, Hội trường, khu các phòng hành chính, BGH, Đoàn Đội, Công đoàn, Giáo viên…
Những ngày đầu trường mới thành lập, cô Hà Thị Đông được Ty Giáo dục QN ĐN phân công làm Trưởng ban điều hành trường(1975-1976). Năm 1976 đến năm 1979, thầy Nguyễn Hữu Ngẫu được bổ nhiệm làm Hiệu trưởng; Từ năm 1979 đến năm 1997, cô Nguyễn Thị Đạt làm Hiệu trưởng; Từ năm 1997 đến năm 2006, thầy Trần Đình Chiến làm Hiệu trưởng; Từ năm 2006 đến tháng 10 năm 2010, cô Huỳnh Thị Ngọc Tiền làm Hiệu trưởng; Từ tháng 11 năm 2010 đến nay, cô Nguyễn Thị Kim Hồng làm Hiệu trưởng.
Từ ngày thành lập cho đến nay, lịch sử của trường không chỉ đo bằng thời gian mà còn bằng những dấu son, những thành tựu và những đóng góp đối với sự phát triển của thành phố Đà Nẵng nói chung và phường Thạc Gián nói riêng. Có thể nói rằng, tất cả những ai cùng sống dưới mái trường này đều đã sống và làm vịêc hết sức mình để cống hiến cho sự nghiệp “trồng người”. Lòng nhiệt tình, sự tận tâm của thầy cô đã không hề uổng phí. Khi còn ở nhà trường các em là học trò ngoan, ra đời các em sẽ là công dân tốt. Được học trong một ngôi trường khang trang đẹp đẽ, được sự quan tâm chăm sóc của các cấp lãnh đạo, sự dạy dỗ ân cần, tình yêu thương ấm áp hiền hoà của thầy cô khi còn ở nhà trường các em là học trò ngoan, ra đời các em là công dân tốt.
Nhiều thầy cô giáo đạt danh hiệu Chiến sĩ Thi đua, Giáo viên Giỏi, như thầy Huỳnh Chinh, cô Hồ Thị Xuân Vui, thầy Huỳnh Viết Thùy, cô Trần Thị Ngọc, thầy Nguyễn Mạnh Điểu, thầy Lê Phương Văn, cô Nguyễn Thị Hoa Sen, cô Lê Thị Túy Ngọc, cô Hồ Kim Dung, cô Huỳnh Thị Phượng, cô Trần Thị Quế, cô Phạm Thị Huỳnh Tuyết Đào, Nguyễn Thị Ngọc Anh, Đặng Thị Lê Nhung, Thân Thị Lương, Hà Thị Thanh Tâm, Trần Thị Nhị Quân, Nguyễn Thị Hằng Trang, Nguyễn Thị Ngọc Quyên, Nguyễn Thị Phương Thảo, Lương Anh Thư, cô Nguyễn Thị Kim Hồng, Thầy Trần Công Mỹ…Có 40 thầy cô giáo nhận Huy chương, Kỷ niệm chương Vì sự nghiệp giáo dục.
Nhiều thầy cô giáo giỏi về chuyên môn, tận tâm với nghề đã góp không ít công sức bồi dưỡng học sinh giỏi như thầy Huỳnh Chinh, thầy Nguyễn Nhung, thầy Lê Phương Văn, cô Phan Thị Yến, cô Trịnh Thị Ánh Nguyệt, cô Lê Thị Túy Ngọc, cô Nguyễn Thị Ngọc Anh, cô Trần Thị Ngọc, thầy Nguyễn Mạnh Điểu, cô Nguyễn Thị Điệp, cô Hồ Thị Xuân Vui, cô Nguyễn Thị Quy, cô Nguyễn Thị Hoàng Liêm.
Cho đến nay, Chi bộ Đảng luôn đạt danh hiệu “Chi bộ Trong sạch Vững mạnh”; Công đoàn, Đoàn Thanh niên Cộng sản Hồ Chí Minh, Đội Thiếu niên Tiền phong Hồ Chí Minh luôn được công nhận Vững mạnh, vững mạnh xuất sắc. Với phương châm dạy thực chất, học thực chất, thầy trò nhà trường đang nỗ lực từng bước nâng cao chất lượng dạy-học. Từ năm 1999 đến nay, trường liên tục được công nhận danh hiệu Trường Tiên Tiến, nhiều tổ chuyên môn đạt danh hiệu Tổ Lao động Xuất sắc (Tổ Toán Lý, Ngữ văn, Hóa sinh, Sử Địa, Tiếng Anh).
Từ ngôi trường này lớp lớp học sinh ra trường, sống và làm việc ở mọi miền Tổ quốc và trên thế giới. Nhiều em đã tốt nghiệp đại học, sau đại học, có học vị Thạc sĩ, Tiến sĩ. Rất nhiều học sinh thành đạt ở nhiều ngành nghề khác nhau. Dù ở vị trí nào trong xã hội, các em học sinh đã tốt nghiệp từ đây bao giờ cũng hướng về mái trường với tình cảm mến yêu, trân trọng.
Những gì mà trường THCS Nguyễn Thị Minh Khai có được hôm nay không chỉ là công sức của thầy trò nhà trường, với lòng yêu nghề của các thầy cô giáo, đức hiếu học của học sinh, mà còn do sự quan tâm hết sức của UBND TP Đà Nẵng, Sở GD&ĐT, Quận Uỷ - UBND Quận Thanh Khê, Phòng GD&ĐT Quận Thanh Khê, Đảng uỷ - UBND Phường, các cơ quan ban ngành, các bậc cha mẹ học sinh. Chúng tôi xin chân thành cảm ơn những ai đã quan tâm và dành cho trường THCS Nguyễn Thị Minh Khai tình cảm yêu mến chân thành; những giúp đỡ về vật chất và tinh thần góp phần vào việc xây dựng nhà trường ngày càng vững bước đi lên. Đất nước đang vươn vai lớn mạnh, sự nghiệp giáo dục cũng đang ngày càng đổi mới, trước yêu cầu và thử thách mới, trường sẽ tạo được những chuyển biến mạnh mẽ, tích cực, đáp ứng yêu cầu công tác giáo dục của địa phương. Xin hãy cùng nhau tự tin, vững bước, phấn đấu hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ được giao, xứng đáng với niềm tin yêu của Đảng, chính quyền và nhân dân địa phương.