Trước ngày 29/03/1975, cơ sở trường có tên là trường tiểu học cộng đồng Xuân Hòa, vị trí đặt ngay trên đường Điện Biên Phủ, thuộc phường An Khê cũ.

Sau giải phóng 1975, nhà trường trở lại hoạt động với tên mới là trường cấp 1 số 1 An Khê. Ngày 17/10/1975 Ty Giáo dục Quảng Đà kí Quyết định số 47 thành lập trường phổ thông cấp 2 Huỳnh Thúc Kháng, chung cơ sở trường học với trường cấp 1 số 1 An Khê tại số 59 đường Điện Biên Phủ - Đà Nẵng. Cuối học kì I năm học 1975-1976 sát nhập trường PT cấp 2 Huỳnh Thúc Kháng và trường PT cấp 1 số 1 An Khê thành trường phổ thông cấp 1,2 Huỳnh Thúc Kháng (sau đó là trường PTCS) đặt tại số 59 đường Điện Biên Phủ - Đà Nẵng.

Trước tình hình cơ sở vật chất ngày càng xuống cấp, trường được UBND tỉnh Quảng Nam- Đà Nẵng cũ cho phép thanh lý và cấp đất xây dựng mới cho hai trường tiểu học và trung học cơ sở tại vị trí hiện nay vào năm 1996. Năm 1997, Sở Giáo dục và Đào tạo thành phố Đà Nẵng ra Quyết định tách cấp 1 ra khỏi Trường PTCS Huỳnh Thúc Kháng và thành lập Trường THCS Huỳnh Thúc Kháng (ngày 30/10/1997). Tháng 11/1998, nhà trường bắt đầu chuyển sang cơ sở mới hiện nay.

Ngày 28/10/2002, trường được UBND thành phố Đà Nẵng công nhận đạt chuẩn quốc gia bậc Trung học giai đoạn 2001-2010.